Accesso alle risorse HPC

Moreno Marzolla moreno.marzolla@unibo.it

Ultimo aggiornamento: 2019-11-16

Il server che useremo è raggiungibile all’indirizzo isi-raptor03.csr.unibo.it. Si tratta di una macchina con processore Xeon E5-2603 con 12 core a 1.70 GHz, 64GB di memoria RAM e 3 GPU Nvidia GTX 1070. Useremo questa macchina per la programmazione OpenMP, MPI, CUDA e SIMD. L’accesso è possibile mediante le credenziali di Ateneo, che dovrebbero essere già configurate.

Accesso dalla rete di Ateneo

Il server è accessibile direttamente solo se si è collegati alla rete di Ateneo. Per accedere dall’esterno è necessario seguire le istruzioni riportate più avanti.

Accesso da sistemi Unix/Linux

Chi usa Linux può collegarsi al server con il comando:

ssh -Y nome.cognomeNN\@studio.unibo.it@isi-raptor03.csr.unibo.it

assumendo che nome.cognomeNN@studio.unibo.it sia il proprio indirizzo di posta elettronica (es, paolo.rossi2@studio.unibo.it; il numero dopo il nome potrebbe non esserci). Attenzione che nel comando ssh sopra il primo carattere @ va protetto con \. L’opzione -Y abilita il forward delle connessioni X11, che consente di lanciare applicazioni grafiche sul server remoto e visualizzare la relativa finestra sul proprio terminale locale. Se non si intende eseguire comandi grafici remoti è possibile omettere tale opzione.

Accesso da sistemi Windows

Sui PC del laboratorio è installato PuTTY. Dopo averlo eseguito, inserire isi-raptor03.csr.unibo.it nella casella Host name (or IP address) per aprire una sessione di terminale sul server relativo.

Uso di PuTTY
Uso di PuTTY

Dopo il collegamento compare una finestra in cui è richiesto l’inserimento del nome utente. Come detto sopra, le macchine sono configurate per accettare le credenziali istituzionali (quelle usate per l’accesso alla posta elettronica). Lo username è il vostro indirizzo completo di posta (nome.cognomeNN@studio.unibo.it; da notare che qui non bisogna mettere \ davanti al primo carattere @); la password è quella usata per accedere alla posta elettronica.

Uso di PuTTY 2
Uso di PuTTY 2

A questo punto si è collegati al server ed è possibile dare i comandi consueti. Si noti che PuTTY non è un server X11, quindi non è possibile lanciare applicazioni grafiche remote.

Copiare file da/verso i server

Sulle macchine del laboratorio è installato WinSCP. L’uso dovrebbe essere abbastanza intuitivo: ci si collega la server desiderato usando le proprie credenziali istituzionali, e successivamente compaiono due pannelli che mostrano il contenuto della directory locale e remota. Per copiare un file è sufficiente trascinarlo da uno dei pannelli all’altro.

Se si utilizza una macchina Linux, è possibile copiare un file dal proprio PC verso il server dando (localmente sul proprio PC) il comando:

scp nomefile.txt nome.cognomeNN\@studio.unibo.it@isi-raptor03.csr.unibo.it:

Nel secondo argomento di scp è possibile specificare anche la directory di destinazione. Ad esempio:

scp nomefile.txt nome.cognomeNN\@studio.unibo.it@isi-raptor03.csr.unibo.it:src/

copia il file locale nomefile.txt all’interno della directory src/ nella propria home sul server.

Per copiare un file dal server al proprio PC è sufficiente scambiare gli argomenti di scp:

scp nome.cognomeNN\@studio.unibo.it@isi-raptor03.csr.unibo.it:src/nomefile.txt .

copia il file src/nomefile.txt dal server alla directory corrente del proprio PC.

Accesso dall’esterno

Collegamento ai server

Per accedere al server dall’esterno della rete di Ateneo è necessario passare per il nodo intermedio si-alfa.csr.unibo.it, anch’esso configurato per accettare le credenziali di Ateneo come meccanismo di autenticazione. Il nodo intermedio è un server Linux dal quale è possibile stabilire una nuova connessione ssh verso isi-raptor03.csr.unibo.it. In altre parole, ci si collega a si-alfa.csr.unibo.it seguendo le istruzioni viste sopra, usando PuTTY oppure il comando ssh di Linux; una volta collegati, all’interno del terminale si da il comando

ssh nome.cognomeNN\@studio.unibo.it@isi-raptor03.csr.unibo.it

Per gli utenti Linux, è possibile semplificare l’operazione modificando il file .ssh/config (creandolo se necessario) inserendo le righe seguenti:

Host raptor
    Hostname        isi-raptor03.csr.unibo.it
    User            nome.cognomeNN@studio.unibo.it
    ProxyCommand    ssh -A -q -l %r -W %h:%p nome.cognomeNN\@studio.unibo.it@si-alfa.csr.unibo.it

(ovviamente nome.cognomeNN va sostituito con il proprio username). Le righe seguenti definiscono un host virtuale dal nome raptor (potete usare un nome diverso). A questo punto, il comando

ssh raptor

si collegherà dapprima a si-alfa.csr.unibo.it, e da li’ a isi-raptor03.csr.unibo.it in modo trasparente. Vi verrà richiesta la password due volte, ma a parte questo non ci sono altre operazioni da fare.

Copiare file da/verso i server

Copiare file dall’esterno della rete di Ateneo è complicato dalla necessità di passare per il nodo intermedio. Fortunatamente si può semplificare il procedimento, sia usando Linux che Windows.

Per chi usa Linux è possibile modificare il file .ssh/config come indicato in precedenza, e quindi copiare un file dalla propria macchina al server isi-raptor03 usando il comando:

scp nomefile.txt raptor:src/

Il comendo precedente copia il file nomefile.txt dalla directory corrente sul proprio PC alla directory src/ su isi-raptor03. Si noti che stiamo usando il nome dell’host virtuale “raptor” che abbiamo definito in .ssh/config; si noti inoltre che non occorre specificare il nome utente sul server. La password verrà richiesta due volte, ma a parte questo non c’è nient’altro da fare.

Per gli utenti Windows, è possibile usare WinSCP usando un “tunnel SSH”.

  1. Aprire il pannello di connessione di WinSCP, e compilare i campi al solito modo:
Uso di WinSCP con tunnel SSH 1
Uso di WinSCP con tunnel SSH 1
  1. Non cliccare su “Login”, ma cliccare sul pulsante “Advanced…”, selezionando poi la voce “Connection > Tunnel” sul pannello di sinistra. Selezionare l’opzione “Connect through SSH tunnel” e Compilare i restanti campi come mostrato sotto:
Uso di WinSCP con tunnel SSH 2
Uso di WinSCP con tunnel SSH 2
  1. Cliccare su “OK” e quindi su “Login” nel pannello precedente; verrete collegati con il server isi-raptor03 e sarà possibile copiare file trascinandoli come al solito.